Tails y Knuckles fueron a ver a Sonic, la causa: una carta de Robotnik en el que reta al erizo y a sus amigos.

Queridos Sonic Heroes:

¿Adivináis el qué? ¡Por fin he desarrollado el arma definitiva! En sólo tres días conquistaré el mundo.

Por supuesto Sonic no iba a dejar que esto ocurra pero... ¿por qué Eggman avisa a Sonic cuando podría directamente cargárselo por la espalda?

A Rouge la falta muy poco para conseguir el mayor tesoro del mundo y se sospecha que podría estar en la base secreta de Robotnik. Una vez dentro y después de buscar mucho sólo encontró a Shadow y Omega encerrados en una cápsula. Shadow estaba perdiendo la memoria. Rouge decide liberarlos. Así es como se unen para combatir a Robotnik.

     Amy vió la foto de Sonic en el periódico. El artículo decía algo a lo que Amy no podía quedar indiferente. Big y Cream que ene se momento estaban con Amy, también querían buscar a sus amigos, Big quería a su mascota-rana Froggy (siempre perdida) y Cream busca a su hermano Cheese (que familia más empalagosa). Así que juntos emprenden la búsqueda.

Vector el cocodrilo, Charmy la abeja y Espio el camaleón forman la Agencia de detectives Chaotix. Aceptan cualquier caso siempre y cuando haya una recompensa de por medio.

El último caso que han recibido resulta algo sospechoso pero ni siquiera lo piensan cuando ponen sus ojos en la jugosa recompensa que recibirán si completan el trabajito (a lo mejor les toca ir a buscar a Bin Laden)